何首乌（Polygonum multiflorum Thunb.）为《广东省岭南中药材保护条例》首批保护品种，为分析广东省道地药材何首乌的遗传多样性，该文采用ISSR分子标记技术对广东省何首乌8个居群38份样品进行分析。结果表明：（1）何首乌8条ISSR引物共扩增得75条谱带，多态性位点数为73条，多态性位点百分数为97.33%；（2）各居群的遗传水平由高到低分别为：鼎湖山（DH）＞德庆（DQ）＞高州（GZ）＞高要（GY）＞惠州（HZ）＞丰顺（FS）＞乳源（RY）＞从化（CH）；居群的遗传距离为0.0532～0.6419，遗传相似性系数为0.5263～0.9482，其中，居群肇庆鼎湖山（DH）与茂名高州（GZ）亲缘关系最近，居群广州从化（CH）与肇庆高要（GY）的亲缘关系最远。（3）基因多样性指数（H）为0.0663～0.2212，基因分化系数（Gst）为0.5286，遗传变异存在于居群间，居群间的基因流（Nm）为0.4459，基因流动性水平偏低，基因交流困难，种群发生分化。（4）PCoA结果、UPGMA聚类分析结果一致，所有居群分为两大支。上述结果提供了有效的种植建议，为尽可能更多地保存遗传多样性，应优先保护遗传多样性丰富的鼎湖山（DH）、德庆（DQ）居群，同时加强对现有种群的就地保护，为后续构建种质资源库提供参考。