目的基于转录组测序分析鹿茸治疗骨关节炎大鼠后的基因表达差异以及对相关信号通路的影响。方法将10只SD大鼠随机分为实验组和对照组,采用经典Hulth方法制备大鼠右膝骨关节炎疾病模型。造模6周后,实验组给予鹿茸(420 mg·kg-1)灌胃给药,对照组给予等量生理盐水灌胃,隔天灌胃1次,连续6周。末次灌胃给药2 h后,取各组大鼠右侧膝关节软骨,提取RNA进行RNA-Seq测序,对表达差异的基因进行筛选及KEGG功能注释分类和GO富集分析。结果共筛选出3 226个表达差异的基因（|log2FC|≥1,Q值(0.001）。与对照组比较,实验组上调的基因有711个,下调的有2 615个。KEGG基因分类和GO富集分析表明,上调基因主要参与调控骨骼肌发育、骨形态发生、骨矿化和骨成熟;下调基因主要参与调节细胞的凋亡和自噬、血管生成和炎症反应。结论发现了鹿茸干预骨关节炎的一些关键基因和通路,如Ckm、Tnni2、Myh4、Myl1、Mylpf、Casq1、Actn3、S100a8及Ngp等基因,以及凋亡和自噬的信号通路、血管生成和肌肉收缩通路等,鹿茸可能通过这些基因和通路发挥治疗效果,这些差异基因可能成为骨关节炎的基因治疗靶点。