【目的】比较多囊卵巢综合征（polycysticovariansyndrome,PCOS）患者与健康对照间肠道菌群谱结构特征差异,并探讨多囊卵巢综合征患者差异菌群与生化免疫指标之间的联系。【方法】选取初诊多囊卵巢综合征患者23例和健康女性对照23例,每例患者于初诊时留取粪便标本和血液标本,粪便标本提取DNA进行宏基因组测序,血清用于检测性激素和炎症因子。通过生物信息分析比较多囊卵巢综合征患者与健康对照间肠道菌群谱结构特征差异,以及与相关指标的联系。【结果】发现多囊卵巢综合征患者与健康对照的肠道菌群在门、属、种水平均有明显差异。两组间差异菌种为4个,普通拟杆菌（Bacteroides vulgatus）和弗格森埃希菌（Escherichia fergusonii）在PCOS组中的相对丰度高于对照组,并且这两种菌与PCOS的发病机制密切相关。凸腹真杆菌（Eubacteriumventriosum）和Subdoligranulum unclassified菌的相对丰度低于健康对照组。其中普通拟杆菌、凸腹真杆菌和Subdoligranulum unclassified菌3个菌种彼此间存在相关性,差异菌种与生化免疫指标间也存在相关性。发现布鲁米球菌、棒状戈登菌、脱硫弧菌、凸腹真杆菌、斯特雷沃菌5个菌的组合在PCOS患者早期诊断中具有较好的诊断效能。基因分析发现,鸟苷核苷酸从头生物合成的超途径I基因通路在PCOS人群中富集。【结论】多囊卵巢综合征患者与对照组间的肠道菌群和生化免疫指标均具有差异,并具有一定相关性,为PCOS患者的综合性诊疗提供了方向。