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生信分析鉴定青蒿素治疗非小细胞肺癌的铁死亡基因

Identification of ferroptosis genes associated with artemisinins for the treatment of non-small cell lung cancer through bioinformatics analysis

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心

机构: [1]广州中医药大学第一临床医学院,广东 广州 510405 [2]广州中医药大学第二临床医学院,广东 广州 510405 [3]湖南中医药大学第一附属医院,湖南 长沙 410000
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ISSN:

关键词: 生物信息学 青蒿 青蒿素 非小细胞肺癌 铁死亡

摘要:
通过生物信息学分析,鉴定不同类型的青蒿素治疗非小细胞肺癌的相关铁死亡基因。通过在线数据库,对相关类型的青蒿素成分进行筛选和靶点预测。通过WGCNA和差异分析,获取非小细胞肺癌相关基因。通过PubMed数据库获取铁死亡相关基因。将三者进行取交集,得到治疗NSCLC相关的铁死亡基因。通过GO和KEGG功能富集分析,明确其作用机制。构建PPI蛋白互作网络筛选核心基因并进行生存分析。然后进行分子对接和免疫组化层面验证。结果表明:共筛选出不同类型的青蒿素5种,其靶点分别为103个,82个,71个,22个和112个。WGCNA分析筛选出了了9 070个基因,差异分析鉴定了4 276个差异表达基因。通过将上述二者与258个铁死亡基因取交集,得到了Artemetin治疗NSCLC铁死亡相关基因2个(CA9、PTGS2),其中:Artemisinin(1个),Artemisitene(1个),Deoxyartemisinin(0个)和Dihydroartemisinin(2个)。GO和KEGG功能富集分析显示,其发挥作用可能与组蛋白乙酰化有关,通过孕酮介导的细胞成熟途径通路起作用。PPI和生存分析显示AURKA,PLK1和TYMS在高低风险组之间具有显著性。分子对接结合显示AURKA与Dihydroartemisinin在对接结果中最优,其次是PLK1与Dihydroartemisinin,TYMS与Artemetin。HPA免疫组化验证了AURKA、PLK1和TYMS在腺癌/鳞癌中具有明显的表达差异。本研究鉴定了不同类型青蒿素治疗非小细胞肺癌相关的铁死亡基因,初步了解其发挥作用的机制,这有可能为青蒿素治疗非小细胞肺癌提供新的策略。

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第一作者:
第一作者机构: [1]广州中医药大学第一临床医学院,广东 广州 510405
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