目的 探讨膈下逐瘀汤"异病同治"子宫内膜异位症(EMs)和多囊卵巢综合征(PCOS)的分子作用机制.方法 TCMSP数据库获取膈下逐瘀汤活性成分及预测药物作用靶基因,MelaCards和CTD数据库获取EMs和PCOS疾病相关靶基因,将EMs、PCOS疾病相关靶基因与膈下逐瘀汤作用靶基因取交集获取共有靶基因,STRING在线工具构建共有靶基因蛋白互作网络,Cytoscape软件进行共有靶基因蛋白网络可视化处理,clusterProfiler工具进行共有靶基因GO及KEGG信号通路分析,cytoHubba、MCODE插件筛选核心靶基因,SwissDock对核心成分与核心靶基因进行分子对接.结果 膈下逐瘀汤治疗EMs、PCOS的共有靶基因共69个,GO功能涉及激素合成与反应、炎症等方面,KEGG信号通路结果显示交集基因富集于与炎症相关的IL-17、TNF、Toll样受体信号传导途径和Th17细胞分化,与激素相关的内分泌抵抗、卵巢类固醇生成、类固醇激素的生物合成、甲状腺激素、雌激素等信号转导通路.共有靶基因PPI网络中排名前3位的核心基因为IL-6、IL-10和JUN,PPI网络中计算出核心子网络共4个,均与炎症、血管生成和激素合成密切相关.结论 膈下逐瘀汤治疗EMs、PCOS的作用机制与调节激素水平、反应及调控炎症和调节血管生成等密切相关.