资源类型：
申请人：
广州医科大学附属第二医院
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广东省中医院
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当前专利权人：
广州医科大学附属第二医院
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广东省中医院
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申请号：
申请日期：
授权年份：
公开号：
公开日：
法律状态：
主分类号：
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摘要：
本发明涉及一种鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1)设计HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列的PCR扩增引物和测序引物，所述PRC扩增引物包括上游扩增引物和下游扩增引物，所述测序引物包括通用测序引物和等位基因特异测序引物；所述测序引物为基于PCR产物进行Sanger法测序的测序引物；2)采用等位基因特异测序引物测序，用一对PCR扩增引物扩增HLA‑DQB1第2外显子及其旁侧序列片段，采用1个通用测序引物进行正向测序，再从5‑9条不同等位基因特异测序引物中选择1条进行反向测序，利用两个测序反应鉴定出单倍型。本发明具有简便、快速、精确鉴定HLA‑DQB1第2外显子单倍型的特点。可以对HLA‑DQB1基因进行等位基因分型。
主权项：
1.一种非诊断目的的鉴定HLA-DQB1第2外显子单倍型的方法，其特征在于：1）设计HLA-DQB1第2外显子及其旁侧序列的PCR扩增引物和测序引物，所述PRC扩增引物包括上游扩增引物和下游扩增引物，所述测序引物包括通用测序引物和等位基因特异测序引物；所述测序引物为基于PCR产物进行Sanger法测序的测序引物；2）采用等位基因特异测序引物测序，用一对PCR扩增引物扩增HLA-DQB1第2外显子及其旁侧序列片段，采用1个通用测序引物进行正向测序，再从5-9条不同等位基因特异测序引物中选择1条进行反向测序，利用两个测序反应鉴定出单倍型；所述PCR扩增引物的上游扩增引物的序列为3'端碱基序列为-aggaCTCGCAGAGGATTTCG-3'；5'端碱基序列为-aggaCTCGCAGAGGATTTCG-3'；所述PCR扩增引物的下游扩增引物的序列为：3'端碱基序列为-gttacCATACCAGTCAATGTGTCAG-3'，5'端碱基序列为-gttacCATACCAGTCAATGTGTCAG-3'；所述通用测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CGCAGAGGATTCGTG-3'，5'端碱基序列为-CGCAGAGGATTTCGTG-3'；所述等位基因特异测序引物包括针对参考序列308位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列320位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列318位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列346位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列309位为G/C杂合子的等位基因特异测序引物、针对参考序列361位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物和针对参考序列360位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物；所述针对参考序列308位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物的3'端碱基序列为-GCAGAGGGGCGACGC-3'，5'端碱基序列为-GCAGAGGCGACGC-3'；所述针对参考序列320位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CAAGAATGGGCCTCGCA-3'，5'端碱基序列为-CAAGAATGGGCCTCGCA-3'；所述针对参考序列318位为G/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-AGAGTGCCTCGCAGC-3'，5'端碱基序列为-AGAGTGCCTCGCAGC-3'；所述针对参考序列346位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CTCAGCACAGAGACTAGA-3'，5'端碱基序列为-CTCCCAGCACAGAGACTAGA-3'；所述针对参考序列309位为G/C杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CTCACGGAGTCAACC-3'，5'端碱基序列为-CTCACGAGGTCAACC-3'；所述针对参考序列361位为G/A杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CCCATCGCCCCTCC-3'，5'端碱基序列为-CCATCGCCCTCC-3'；所述针对参考序列360位为C/T杂合子的等位基因特异测序引物的序列为：3'端碱基序列为-CCCTTCGTCCCTCCTG-3'，5'端碱基序列为-CCCTTCGTCCCTCCTG-3'；所述HLA-DQB1第2外显子涉及的HLA-DQB1基因的参考序列，如序列表SQEIDNo：14-31所示；其中：序列表SEQIDNo：14-15给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游635bp的碱基序列；序列表SEQIDNo：16-23给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游638bp的碱基序列，序列表SEQIDNo：24-31给出的参考序列包括HLA-DQB1第2外显子上游30bp至HLA-DQB1第2外显子下游641bp的碱基序列，上述参考序列的31-300位碱基序列为HLA-DQB1的第2外显子。
