目的：实施随机对照临床研究，探讨调神利咽针刺法结合rTMS治疗脑干卒中后吞咽障碍的临床疗效。方法：将72例患者采用随机数字表法随机分为治疗组（23例）和对照组1（25例）、对照组2（24例）。治疗组采用调神利咽针刺法结合rTMS，对照组1采用调神利咽针刺法，对照组2采用rTMS治疗；三组患者均在基础治疗方案（基础药物治疗及常规吞咽康复治疗）的基础上进行。每天1次，每周5天，共治疗2周，治疗9次及以上者纳入统计分析。评价指标：吞咽功能采用标准吞咽功能评价法（SSA）、功能性经口摄食量表（FOIS）进行评价，均于治疗前和治疗结束时评价。结果：（1）组内治疗前后比较：三组治疗后SSA、FOIS分级均较治疗前明显改善（P＜0.01）。（2）治疗后组间比较：三组治疗后，SSA评分、FOIS分级比较，差异有统计学意义（P＜0.01）；组间两两比较显示，治疗组SSA评分低于对照组1（P＜0.05），且明显低于对照组2（P＜0.01），对照组1亦低于对照组2（P＜0.05）;FOIS分级治疗组与对照组1差异无统计学意义（P＞0.05），但治疗组及对照组1均明显优于对照组2（均P＜0.01）。结论：调神利咽针刺法结合rTMS能改善脑干卒中后吞咽障碍患者的吞咽功能，提高经口摄食能力。