资源类型：
收录情况：
◇ 统计源期刊
◇ CSCD-E
文章类型：
机构：
[1]广州金域医学检验中心有限公司微生物室,广州,510330
[2]广州中医药大学第二附属医院/广东省中医院检验医学部,广州,510006
大德路总院
检验科
大德路总院检验科
广东省中医院
[3]泽塔生物科技(上海)有限公司,上海,201203
出处：
ISSN：
关键词：
西班牙弗朗西斯菌
平均核苷酸一致性分析
菌种鉴定
摘要：
目的 对一溺水性肺炎患者血液标本中分离的弗朗西斯菌(编号Wenzhou1)进行菌种鉴定.方法 采用Illumina二代测序平台2000/miSeq系统对实验菌株进行高通量测序,MicrobeTrakr Plus软件对测得的全基因组草图进行序列拼接.在GenBank数据库中,对实验菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列进行NCBI BLAST分析,获得与实验菌株遗传关系接近的近缘菌种信息.Java 8运行环境,OrthoANI软件对实验菌株和近缘菌种进行全基因组序列NCBI BLAST搜索和全基因组平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析.结果 测得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因组大小为1.96×106 bp,含74个重叠群(contigs).基因组G+C mol％为32.1％,与其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致.GenBank数据库NCBI BLAST分析结果显示,Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列与西班牙弗朗西斯菌FSC454和“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523最为近缘.ANI分析显示,实验菌株Wenzhou1与西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI为97.8％,与“土拉弗朗西斯菌新凶手亚种”3523的ANI在97.5％～97.6％之间,而与土拉弗朗西斯菌的4个亚种的ANI在91.3％～91.5％之间.结论 基于全基因组序列的ANI分析是一种准确和有效的菌种鉴定方法.Wenzhou1可明确鉴定为西班牙弗朗西斯菌.
基金编号：
31300004
第一作者：
第一作者机构：
[1]广州金域医学检验中心有限公司微生物室,广州,510330
通讯作者：
推荐引用方式(GB/T 7714)：
张磊,郑敏玲,王亚,等.基于高通量测序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鉴定中的应用[J].临床检验杂志.2017,35(07):499-502.
