目的评估表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转录间隔区序列测序三种方法鉴定念珠菌株的性能。方法收集分离自临床标本的63株念珠菌,采用表型鉴定、基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱分析、真菌核糖体内转录间隔区序列分析三种方法进行念珠菌鉴定,以序列分析作为参考方法,比较表型鉴定与质谱分析对于念珠菌的鉴定性能。结果 （1）真菌表型鉴定与测序鉴定结果一致率93.44%（57/61）。（2）基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱与测序鉴定结果一致率96.7%（59/61）。（3）表型鉴定与质谱分析鉴定结果差异无统计学意义。结论念珠菌生化表型鉴定可作为临床念珠菌株的常规鉴定方法,满足临床需要。当临床念珠菌株生化表型鉴定结果不确定时,应直接进行真菌rDNA ITS测序,不应加做质谱鉴定。有条件的实验室应首选MALDI-TOF MS质谱分析方法鉴定念珠菌以获得最大的鉴定效率,并可作为疑难菌种鉴定确诊方法。当质谱鉴定的结果不确定时,应直接进行真菌rDNA ITS测序,不应再用表型鉴定的方法确认鉴定结果。