资源类型:
收录情况:
◇ 统计源期刊
◇ 北大核心
◇ CSCD-E
文章类型:
机构:
[1]广州中医药大学第二临床医学院
广东省中医院
[2]广东省中医院检验科
大德路总院
检验科
广东省中医院
[3]广州中医药大学第二附属医院
广东省中医院
[4]广东省中医皮肤临床医学研究中心
出处:
关键词:
特应性皮炎
生物信息学
关键基因
潜在治疗药物
摘要:
目的通过生物信息学方法筛选特应性皮炎(AD)局部皮损发生的关键基因及预测潜在的治疗药物。方法从GEO数据库中获得GSE153007基因芯片数据,运用R语言进行数据矫正、差异表达基因的筛选、GO功能富集和KEGG通路富集分析,并通过STRING在线数据库进行蛋白互作分析,用Cytoscape软件中的插件MCODE进行子网络模块分析,筛选出AD局部皮损发生的关键基因,最后利用ConnectivityMap预测减轻AD局部皮损的潜在小分子化合物。结果本研究共筛选出100个差异表达基因和8个关键基因LCE3A、LCE3D、PI3、SPRR1A、SPRR1B、SPRR2D、SPRR2G和SPRR2E。GO分析共富集164个功能,包括抗菌体液反应、分泌颗粒腔、RAGE受体结合等;KEGG分析共富集6个通路,差异表达基因与IL-17信号通路最相关。预测出奥利司他、多沙唑嗪、PU-H71、AZD-7762、TUL-XXI039和RS-504393小分子化合物可作为减轻AD局部皮损的潜在药物。结论LCE3A、LCE3D、PI3、SPRR1A、SPRR1B、SPRR2D、SPRR2G和SPRR2E可能是AD局部皮损发生、发展相关的关键基因,预测的6个小分子化合物可为后续药物研究提供理论参考。
基金:
国家自然科学基金面上项目(编号:31972856); 广东省中医药防治难治性慢病重点实验室(2018年度)(编号:2018B030322012); 广东省中医皮肤临床医学研究中心及广东省中医皮肤病研究所专项课题(编号:PFK2021-02);
第一作者:
第一作者机构:
[1]广州中医药大学第二临床医学院
通讯作者:
通讯机构:
[3]广州中医药大学第二附属医院
[4]广东省中医皮肤临床医学研究中心
推荐引用方式(GB/T 7714):
周玮欣,陈勇滔,张彩云,等.基于生物信息学方法筛选特应性皮炎局部皮损发生的关键基因[J].中国皮肤性病学杂志.2022,