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基于生物信息学方法筛选特应性皮炎局部皮损发生的关键基因

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资源类型:

收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-E

机构: [1]广州中医药大学第二临床医学院 [2]广东省中医院检验科 [3]广州中医药大学第二附属医院 [4]广东省中医皮肤临床医学研究中心
出处:

关键词: 特应性皮炎 生物信息学 关键基因 潜在治疗药物

摘要:
目的通过生物信息学方法筛选特应性皮炎(AD)局部皮损发生的关键基因及预测潜在的治疗药物。方法从GEO数据库中获得GSE153007基因芯片数据,运用R语言进行数据矫正、差异表达基因的筛选、GO功能富集和KEGG通路富集分析,并通过STRING在线数据库进行蛋白互作分析,用Cytoscape软件中的插件MCODE进行子网络模块分析,筛选出AD局部皮损发生的关键基因,最后利用ConnectivityMap预测减轻AD局部皮损的潜在小分子化合物。结果本研究共筛选出100个差异表达基因和8个关键基因LCE3A、LCE3D、PI3、SPRR1A、SPRR1B、SPRR2D、SPRR2G和SPRR2E。GO分析共富集164个功能,包括抗菌体液反应、分泌颗粒腔、RAGE受体结合等;KEGG分析共富集6个通路,差异表达基因与IL-17信号通路最相关。预测出奥利司他、多沙唑嗪、PU-H71、AZD-7762、TUL-XXI039和RS-504393小分子化合物可作为减轻AD局部皮损的潜在药物。结论LCE3A、LCE3D、PI3、SPRR1A、SPRR1B、SPRR2D、SPRR2G和SPRR2E可能是AD局部皮损发生、发展相关的关键基因,预测的6个小分子化合物可为后续药物研究提供理论参考。

基金:
语种:
第一作者:
第一作者机构: [1]广州中医药大学第二临床医学院
通讯作者:
通讯机构: [3]广州中医药大学第二附属医院 [4]广东省中医皮肤临床医学研究中心
推荐引用方式(GB/T 7714):

资源点击量:2020 今日访问量:0 总访问量:646 更新日期:2024-07-01 建议使用谷歌、火狐浏览器 常见问题

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