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霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的基因组流行病学分析

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收录情况: ◇ 统计源期刊 ◇ 北大核心 ◇ CSCD-C ◇ 中华系列

机构: [1]中山大学附属第一医院医学检验科 [2]大阪大学微生物病研究所 [3]广东省中医院检验医学部 [4]南方医科大学附属第二医院(珠江医院)血液内科 [5]中山大学附属第一医院转化医学中心
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关键词: 抗药性 微生物 霍氏肠杆菌霍夫曼亚种 肠杆菌 阴沟 碳青霉烯酶 分子流行病学

摘要:
目的研究多重耐药霍氏肠杆菌霍夫曼亚种临床分离株C37携带blaNDM-1基因质粒的遗传特征, 并对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组进行系统发育分析, 以研究霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的全球流行情况。方法收集2014年8月至2021年8月中山大学附属第一医院分离的耐碳青霉烯阴沟肠杆菌复合物(CRECC)。采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)和16S rRNA Sanger测序对C37进行菌种鉴定。使用微量肉汤稀释法进行抗菌药物敏感性试验。采用聚合酶链反应(PCR)检测C37菌株携带的β内酰胺酶耐药基因和质粒介导的喹诺酮类耐药(PMQR)基因。使用接合试验确认C37菌株抗性基因的接合转移性。对C37菌株进行全基因组测序, 提取霍氏肠杆菌霍夫曼亚种的核心基因组, 对目前可公开获得的66个霍氏肠杆菌霍夫曼亚种进行系统发育分析。结果霍氏肠杆菌霍夫曼亚种C37菌株对三代头孢、碳青霉烯类、氨基糖苷类及喹诺酮类抗菌药物耐药, 携带blaACT-5、blaNDM-1、qnrA1、aac(6′)-Ib-cr、oqxAB、fosA、dfrA15等多种抗性基因及IncX3、IncX4、IncFIB和IncFII质粒。多位点序列分型(MLST)分析显示其属于阴沟肠杆菌复合体(ECC)ST78型。系统发育分析显示ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关。结论 ST78型霍氏肠杆菌霍夫曼亚种与碳青霉烯耐药基因传播密切相关, 是传播碳青霉烯耐药基因的高风险克隆, 需密切监测其流行情况。

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第一作者机构: [1]中山大学附属第一医院医学检验科
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