目的 以1例恶性胸腺瘤并发外阴部感染患者溃疡部位拭子标本为模型,建立适用于临床病毒检测的宏基因测序平台.方法 提取该患者外阴部水疱液中的全部核酸,通过不依赖序列的单引物扩增(SISPA)后进行Ion Torrent PGM高通量测序,筛选出与病毒相关的测序读长(reads)与NCBI数据库中的序列进行比对,分析标本中病毒核酸的种类及丰度,并与荧光定量PCR法比较.结果 共获得320 049条读长,4 288条(1.3％)与病毒相关,其中2 629条为噬菌体基因,其余1 659条读长中与人类疾病相关的有单纯疱疹病毒2型(HSV-2) 14条(0.84％)、指环病毒属(Anellovirus)1 361条(82.0％)、多瘤病毒属(Polyomavirus)19条(1.14％)、乳头瘤病毒属101(Papillomavirus 101)6条(0.40％),反转录病毒科80条(4.82％)、痘病毒科45条(2.7％)、其他病毒如植物、鱼类、禽类病毒117条(7.05％)、未分类病毒17条(1.02％);疱疹病毒序列鉴定结果表明,14条读长注释为HSV-2(NC_001798),且用荧光定量PCR确认为HSV-2阳性,两法结果一致;噬菌体序列分析发现2 629条读长为噬菌体基因,其中1 251条为肠杆菌噬菌体(占47.6％),1 331条为葡萄球菌噬菌体(占50.6％).结论 初步建立了基于Ion Torrent PGM的病毒宏基因组测序平台并成功检测出HSV-2,为其在临床中的应用提供了实验依据.