目的:应用计算机系统生物学方法预测茵陈蒿汤的分子靶标,并阐明有效成分群的协同作用机制.方法:采用TCMGeneDIT数据库系统,文本挖掘茵陈蒿、大黄、栀子各自所能影响的基因或蛋白质数据；收集茵陈蒿汤中6,7-二甲基氧香豆素、京尼平苷、红花黄色素A、大黄酸、大黄索等17种血中移行成分,采用Accelrys公司Discovery Studio2.5版完成分子构建,并上载至PharmMapper服务器进行靶标预测；从BIND、BioGRID、DIP、HPRD、IntAct、MINT等分子相互作用数据库中收集与预测靶标有直接相互作用的蛋白质,进行综合分析.结果:已有的实验证实:4个蛋白质与茵陈蒿汤相关,8个蛋白质与大黄相关,没有蛋白质与栀子相关.大黄酸、大黄素、6,7-二甲基氧香豆素、绿原酸等6种化学成分不但可直接作用于实验证实的靶标,也可像异秦皮啶、懈皮素3-O-葡萄糖苷等8种化学成分一样,通过影响相关靶标而发挥间接的治疗作用.结论:本研究结果可为茵陈蒿汤的后续研究提供有用的线索,促进茵陈蒿汤的分子作用机制研究,本研究策略可为中药复方的系统研究提供参考.