为评估不同DNA条形码在曼陀罗族植物中的鉴定能力，本研究以曼陀罗属和木曼陀罗属8个物种共44份样品为材料，分别提取样品DNA，利用PCR扩增其ITS、ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL基因序列并测序分析。从GenBank中下载了曼陀罗、紫花曼陀罗和洋金花的ITS2以及金铃杞的ITS和rbcL共9条序列用于后续分析，利用MEGA6.06软件计算5种条形码序列的种间、种内的K2P距离，构建其NJ系统发育树，评价5种条形码的鉴定能力。研究发现，形态鉴定与DNA条形码鉴定之间存在一定差异。除rbcL外，通过其余4种条形码和组合条形码能够区分属间物种。其中，通过ITS和ITS2片段，毛曼陀罗和金铃杞能与曼陀罗族其他物种进行区分；通过matK片段，金铃杞能与曼陀罗族其他物种区分；通过ITS2+psbA-trnH，毛曼陀罗、紫花曼陀罗和洋金花能与曼陀罗族其他物种区分。此外，ITS2的序列长度保守性最高，碱基变异率最高，变异信息丰富，与其他条形码相比，具有明显的优势。本研究为鉴定曼陀罗族物种提供重要参考。